在《进击的巨人》这部作品中，三笠作为艾伦最重要的伙伴之一，她的性格坚强、勇敢且忠诚，与艾伦之间有着深厚的羁绊。然而，如果从某种假设的角度出发去探讨“艾伦为什么不喜欢三笠”，我们可以尝试从心理层面和角色设定上进行一些分析。

首先，三笠对艾伦的保护欲极强，这种过度的关怀有时可能让艾伦感到压抑。三笠总是无条件地站在艾伦身边，为他遮风挡雨，甚至不惜牺牲自己。虽然这份感情源于深厚的友情和爱意，但对于艾伦来说，这或许是一种无形的压力。他渴望自由，想要独立面对挑战，而不是永远被三笠守护着。这种强烈的依赖关系可能会让艾伦产生一种逃避的心理，甚至让他不自觉地疏远三笠。

其次，在某些时刻，三笠的表现可能显得过于强势，这与艾伦的性格形成了鲜明对比。艾伦更倾向于冒险、冲动以及直面问题的方式，而三笠则更加理性、冷静。两人在处理事情时的方法不同，难免会产生摩擦。例如，在面对战斗或决策时，三笠往往希望一切井然有序，而艾伦却更愿意打破常规，用大胆甚至危险的方式来解决问题。这样的差异可能导致他们之间的误解，使艾伦觉得三笠不够理解他的想法。

最后，从情感角度来看，艾伦可能将三笠视为家人般的存在，而非浪漫的对象。尽管三笠对艾伦怀有深沉的感情，但艾伦内心深处或许并未将她视为可以进一步发展的对象。这种认知上的差距也可能导致两人之间出现隔阂。

综上所述，尽管三笠是艾伦最亲密的朋友之一，但基于以上原因，艾伦可能在潜意识里对她产生了一些微妙的距离感。不过，这并不妨碍他们共同为了理想而奋斗，因为真正的友谊正是建立在这种复杂又深刻的情感之上。